针对墨子巡天望远镜（WFST）的主要科学目标，WFST为期六年的正式巡天包含了两个核心项目：深度高频次ugr波段巡天（DHugr）和宽场巡天（WF），每个核心项目将大约占用总观测时间的45%。剩余约10%的观测时间（六年合计约1,300小时）将分配给特定目标的小型观测项目，例如机遇性观测，对特殊天区（如银河系盘面）开展短期监测等。
两个核心项目在观测深度、天区覆盖范围和观测频率上存在明显的差异。深度高频次ugr波段巡天将充分发挥WFST在u波段以及口径上的观测优势，每年对赤道附近2×360平方度的天区（“春季"和"秋季"天区，各观测6个月）进行常态化监测。鉴于u波段成像与颜色信息在揭示各类高能暂现现象本质中的重要性，在DHugr的每六个月观测周期内，WFST将在每个朔望月的新月前/后8天的观测区间内开展含u波段的小时间隔多波段时域巡天。同时，在其他观测区间将继续开展多波段辅助巡天持续监测同一天区。这种创新巡天模式为追踪暂现源爆发的极早期行为以及发现宇宙中罕见的高能爆发现象（如极早期超新星、快速蓝色超亮暂现源、潮汐瓦解事件、千新星等）提供了独一无二的研究机遇。
宽场巡天每年将覆盖北天约8,000平方度的天区，采用u、g、r、i四波段进行观测，每次曝光30秒。假定冷湖台址晴夜比例约占70%，6年巡天期间每个天区将在每个波段获得约90次观测。针对特定目标（如活动星系核和变源）的长期监测需求，单波段观测将均匀分布在6年中，即每年每个天区进行60次多波段观测（4个波段各15次）。在巡天的三个月内，将完成约300个不同天区（总计约2,000平方度）的观测，每个天区观测60次，每年总计约1,200次观测。考虑到u波段观测对夜天光背景高度敏感，所有u波段观测均安排在暗夜和灰夜进行。为平衡巡天效率和科学目标，并优化观测的均匀性，我们将避免在单一波段连续观测（u波段除外），而是每晚安排两个波段交替观测。这一策略将确保多波段光变曲线在时域研究（如暂现源分类、变源统计和时域宇宙学）中具有合理的时间采样和跨度。此外，6年巡天后，预计每个波段的总曝光时间将达到约45分钟，叠加图像的深度将超过北半球现有任何单一望远镜开展的大天区巡天项目。
